Hola!
Intentaré ayudarte...creo que eso es debido al launcher que tienes, ya sea el de serie o uno instalado.
Te lo digo sobre todo porque a mi me pasó algo similar, pero en vez de desaparecer, lo que pasaba era que se me desordenaban.
Estoy casi convencido que es eso, puesto que instalado está, pero no aparece el icono. Yo cambié el launcher y se solucionó. Tb podrías probar a hacerle un wipe, pero haz copia de seguridad...e incluso flashearlo, hay muchos tutos y muy buenos.
Espero que te sirva de ayuda.
Un saludo!
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