SOLUCIÓN: Instalar SuperSU y dejar de lado el root de CM.
Por alguna razon el root de CM no permite la carga de SELinux Changer al aranque (al menos eso parece), lo mismo que la ejecucion del init.d personalizado.
Despues de instalar SuperSU y deshabiitar el acceso administrativo de CM, tanto el SELinux Changer como la ejecusion del init.d funcionan perfectamente para mantener el SE como Permissive.
Ojo cual sea de las dos maneras que mensiono funciona para mantener SE permissive, no es necesario las 2 formas.
Si alguien puede confirmar mi solucion, estaria bien ponerlo al principio de este post como aclaracion.
Saludos.
