A tu primera pregunta, pues con los pies
Y para todo lo demas pues mucho no has leido porque si que es un follon el foro, pero almenos lo que preguntas es facil de encontrarlo, te dejo enlace al hilo que mas me ha ayudado a mi:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=169943
Sino me equivoco ya que tambien soy novato, la JPO seria la primera version 2.2.1, es una rom completa, te flashea todo el telefono rom y kernel, la JPY es una actualizacion sobre la JPO la forma de flashearla es distinta porque solo actualiza.
Diferencias entre una y otra poco puedo ayudarte en detalles concretos, yo pasé directamente a la que me venia de serie en el galaxy a la JPO ni la miré y directamente pasé a la JPY y las mejoras fueron barbaras, me va como un tiro en comparacion, rapidez en los menus, mejoras en flash player, navigator en general todo mas rapido y fluido. Tambien alguna correccion en la traduccion como la pantalla de bloqueo con la fecha en ingles.
Hacer un buckup completo de todo el telefono rom y kernel he llegado a la conclusion de que es practicamente imposible, en mi caso hice copia de la carpeta EFS que explica en el tutorial que contiene todos los datos de tu terminal, activar lo modos download y recovery imprescindible por si hay catastrofe, y en caso de querer volver a dejarlo como te llegó de fabrica la solucion es flashear otra vez la rom completa de la version que tienes, apuntatela, puedes buscarla y descargar aqui en el foro y restaurar la carpeta EFS si ha habido cambios en tu numero de producto y demas.
Si me equivoco en algo se agradecen las correcciones.