Pues lo hice con la opción de Wipe total, ahora no se como se llama exactamente pero es esa que dice que te hace todos los wipes uno tras otro para que instales una rom nueva.
Entonces lo haré manualmente, ahora si que me ha quedado claro como hacer una instalación limpia del todo. Me apunto el tutorial de instalación limpia e instalación de SuperSU según android que Fusionero parece una wiki
Muchas gracias chicos!