Como recomendacion solo una: Empezar de cero cada vez.
Ya se que es una putada (perdon por la palabra

) pero es la unica manera de asegurar que todo funcione como debe hacerlo. El resto de pruebas es cosa vuestra...
Eso si, si teneis fallos raros tras restaurar con el programa que sea lo mejor es hacer un nandroid backup y hacer una instalacion limpia para ver si se repiten.
Mas no puedo deciros.