El metodo de mover apps a la micro SD de las CM es la forma nativa de android desde eclair, ellos no han inventado nada nuevo con esto a diferencia de otras opciones y mejoras. No todas se pueden mover y pasan codificadas dentro de la carpeta /.android_secure. Solo veras desde el PC estos archivos, no todas las apps tienen la posibilidad de usar este metodo. Otras directamente ni pasan por la memoria interna y se van ellas solitas a esa direccion. No son archivos apk, estan "codificados"/encriptados y el "decodificador"/desencriptador se queda permanente en la RAM.
Link2SD pasa realmente las app a la particion creada y solo con esa particion se puede usar a diferencia del metodo de android que solo una una carpeta. Puedes pasar todas de forma automatica o manual solo las que quieras. Los wigeds no se llevan bien con este metodo y suele crear muchos archivos basura y datos huerfanos que se pueden eliminar dese la misma app o con titanium backup rebuscando en sus opciones. Por otro lado las app las pasa por emulacion, crea un link (symlink o link simbolico para los amigos) en /data/app que hace creer al sistema que esta ahi pero este le manda a la particion. ¿cual es el problema? que cuando no tengas espacio en /data ya puedes tener "tropecientos" Gb en la particion que no podras meter nada mas. Para el sistema /data seguira llena y no podra crear el symlink hacia la particion.
La 3º opcion en discordia es los script para dejar de usar /data/app y usar la particion, la original se queda practicamente bacía y solo se usa la de la micro SD por lo que tendras todo el espacio creado a tu disposicion sin problemas de symlink que no entran, sin usar mas RAM para desencriptar archivos (cosa que tampoco importa mucho en android, pero la poca RAM del ACE ya se empieza aquedar algo escasa) pero por desgracia desde JB este metodo crea mucho lag.