No se puede tener dos números distintos en Whatsapp (al menos yo no veo la manera de hacerlo), pero entiendo que eso es un tema de la App más que del teléfono.
Lo que sí, la agenda es única pero se puede configurar la Sim que se quiere emplear por defecto para llamar a cada número de teléfono de manera independiente (incluso desde una Sim para el móvil de un contacto y desde la otra para el fijo del mismo contacto, por ponet un ejemplo).
Al ser la agenda única, en Whatsapp salen todos los contactos juntos.