A ver, te explico, que llevo mucho tiempo instalando certificados.
Instalalo de nuevo, pero cuando lo instales primero mete la contraseña del certificado, si no te pide contraseña, es porque lo has exportado mal sin contraseña.
Segundo, debes darle una vez introduzcas la contraseña al instalar, debes darle al uso de VPN y aplicaciones.
Luego, una vez instalado con esas recomendaciones, si a veces no te lo coge en Chrome, debes abrir el Chrome, abrir pestaña de incógnito, y desde ahí abrir la AEAT y entrar