Se más específico, una cosa es actualizar y otra que haya algún error y te toque flashear otra vez.
Para lo primero, de hace wipe cache y dalvik y luego se flashea encima y no se pierde nada.
Para lo segundo, puedes hacer un backup desde twrp en el apartado backup (en este móvil no aparece la carpeta system, que en principio se selecciona para hacer el backup así que no se si funcionará bien) y luego pasar la carpeta al pc. Si pasa algo se restaura desde twrp con esa copia, siempre y cuando sea la misma rom.