Yo lo que haría es:
1-hacer una copia en el ordenador de la memoria USB
2- formatear memoria USB
3-hacer un reset de fábrica
4-Probar un par de dias sin recuperar nada de lo que guardamos en el ordenador. Podéis dejar que la cuenta Google restaure las apps que teníais, pero no se restaurarán las que no son compatibles con ICS y no debeis instalar ninguna app manualmente. Por lo menos de momento.
5- Si funciona bien un par de días, recuperais las fotos, música, historial whatsapp y las carpetas de las apps que ha restaurado el market que realmente os sean imprescindibles. NADA DE BACKUPS DE LLAMADAS NI SMS. Ni mucho menos recuperéis las carpetas ANDROID, ANDROID SECURE, TEMP NI LOST_DIR
Si todo eso no funciona podéis probar de flasehar la stock ROM que tenéis instalada con el recovery