En teoria ninguna, pero Oxygen Updater no es una app oficial, tal y como lo describe la propia Oxygen Updater en las primeras pantallas después de instalarla.
De todas formas origen del enlace de descarga de Oxygen Updater son los servidores de descarga de Oneplus y una vez descargada la ROM hay que actualizarla por la opción de actualizar de "Mejora Local".
Si lo haces correctamente no tiene que haber ninguna diferencia en el resultado final. Lo malo es que elijas una versión incorrecta de ROM en Oxygen Updater.