No entiendo dónde está vuestra confusión. Si os referís al porque aparecen las fotos de WhatsApp en el álbum “Todas las fotos” pues ya el propio nombre lo dice, es el carrete entero sin filtros ninguno.
Y si por lo que sea queréis que no aparezca en “todas las fotos” podéis ocultar las fotos y sólo os aparecerá en la opción “Ocultos” que es un álbum como dice su nombre más discreto y que te aparece en la lista de álbumes de la app de fotos en la parte inferior y menos visible.
Puede ser que no os esté entendiendo, pero sigo sin ver el problema.
Edito: yo tengo la opción en WhatsApp para que no le guarde las fotos en el carrete automáticamente.