A mi me paso igual... pero creo q el problema no es del 6.0 sino de la version de whatsapp.. Yo actualice a whatssap, sin tener el widget puesto y me desaparecio de la lista... Por lo que volvi a poner la version de Whatsapp anterior, puse widget y despues lo actualice.... he actualizado un par de veces ya, y aun tengo el widget...
Que por cierto, me resulta comodisimo!!!