Solamente eso, deodex y zipalign. Yo creo que esos procesos solo se pueden realizar con la room stock, ya que lo realice con un backup que tiene ya varias apps.
Igual pude hacer el deodex con otro programa. Aunque noto el móvil un poquito más lento. Aunque leí que sólo es al principio y luego se va arreglando.