Buenas
Restablecimiento de fábrica no y aunque te volviera ha pasar tampoco (por lo menos de momento), aún te faltaría hacer 2 o 3 pruebas; una borrarle los datos a la app de Pokémon go o incluso desinstalas si persiste. Y la otra probar de hacer esa misma acción "rutinaria" pero durante el mismo día 3 o 4 veces más; es decir, ponlo en modo avión (nada 30seg- 1min) y lo desactivas, activas bluetooth con altavoces, y ver si te sigue apareciendo "ha dejado de funcionar" etc... Desinstalando la app supuestamente también deberías de hacer la misma prueba de modo avión y bluetooth ... claro, supuestamente no te saldrá "ha dejado de funcionar" porqué ya no está instalada, pero lo que te quiero decir, es que hacer un restablecimiento si es por una app en concreto serviría de poco.
Al estar hablando de; modo avión, Pokémon go y bluetooth y te hace X, hay una app por el medio, entonces aunque no es seguro si es por ella, por lo menos pruebas.
Hay otra cosa que miraría 1º antes de hacer lo que te he explicado anteriormente; no sale en todas las apps pero sí en algunas, si vas a los Ajustes/aplicaciones instaladas/Pokémon Go/Otros permisos, hay una opción que pone "Cambiar conectividad de bluetooth" mira si la tienes activada por si acaso y la deniegas por probar. O también puedes ponerle "Notificar" que sirve para si una app la necesitase tener activada para según que funcionamiento te informa en forma de notificación.