Hola numbertwo. Voy a intentar ayudarte como filántropo del foro que creo ser, jojojo!
Tú problema ya se ha comentado muchas veces, aunque es cierto que es curioso el hecho de que sólo pase con el AC. De todas maneras, si ya le has cambiado el adaptador mini usb, puede ser que te lo dejaran mal colocado? Aunque dices que fue hace meses y este problema me imagino que será reciente. Siempre puedes decir que la pieza que te pusieron está mal y que lo vuelvan a arreglar porque te lo dejaron mal... con cara de cabreo, para que te lo hagan gratis.
Lo que puedes descargar es que la razón sea flashear con el teléfono conectado. Eso no es problema porque yo lo hago muchas veces y otros que conozco también lo hacen y no ha pasado nada. Yo llevé la rom crash 10.1 que comentas y es la que lleva mi novia actualmente y a ninguno nos dio problemas de carga de batería. Tú llevas esta o llevas la 10.1 plus?
Si tienes hecho un backup reciente, por qué no pruebas a flashear otra custom rom y así ves si te sigue dando el problema? Es más, ya que estás te animo a que pruebes la crash JB, que va genial o si quieres cosas más diferentes mírate la Kristal rom.
En cuanto a lo de perder la personalización, ese launcher que usas no tiene la opción de guardar la configuración actual? Sé que otros como apex o nova sí lo traen. Igual ese también... bucea por los menús. No te puedo decir nada concreto pues no lo he probado nunca, pero si al final tienes que cambiar de launcher, te recomiendo que te cambies a uno que te permita hacer eso. Es una maravilla poner la rom que quieras y tener el teléfono como a ti te gusta en cuestión de un par de minutos!
A ver si hay suerte.