Los pasos que he seguido yo, cuando paso de una custom a una stock:
Previo backup de todo lo que quieras guardar.
- Con bootloader abierto
- Desde TWRP: Wipe de absolutamente todo. Suelo dejar el sistema limpio para evitar problemas.
- Desde TWRP: Flash del IMG del recovery stock desde el propio TWRP.
- Desde TWRP: Flash del zip de la stock rom que quieras poner.
- Boot en la nueva rom instalada hasta realizar el boot completo, despues apagar o reiniciar, para entrar al moto bootloader.
- Una vez dentro del modo bootloader, ccerrarlo y esperar a que bootee de nuevo. Una vez cerrado pasamos a la parte de bootloader cerrado.
- Con bootloader cerrado
- Vamos al stock recovery, y hacemos wipe de todo, para limpiar de nuevo desde recovery oficial.
- [Opcional] Reinstalacion del zip de la rom desde adb para reinstalar de forma oficial y dejar totalmente limpio.
Con esos pasos siempre me ha funcionado a mi.