Yo he tenido un Redmi 3S (430) y un Redmi 4 Prime (625) y la verdad es que en el día a día la diferencia fue nula. Solo noté diferencia al abrir aplicaciones más pesadas, que el 625 tarda un pelín menos.
En cuanto a Android Stock vs otras ROMs, es muy relativo. Un Android Stock irá más fluido que la mayoría de las ROMs, pero no siempre. Un claro ejemplo es OnePlus.
Y otro ejemplo es MIUI. Una ROM de MIUI global va más lenta que Android Stock si la pones a prueba, pero una MIUI limpia de toda la mierda de Google (como las .EU) van más fluidas que Stock.