Tienes instalado el netframework?, para que funcione bien el programa necesitas tener instalada mínima la versión 2.0, si tu sistema windows es antiguo puede que no tengas la librería instalada.
Dándole a "refresh" debería salirte tu sd sin tener que desconectar el teléfono y volverlo a conectar solamente cambiándolo desde el teléfono en modo unidad de disco, si no te deja, prueba a realizar el proceso completo con el teléfono conectado en modo "HTCSync". Si formateas pierdes la goldcard, asi que realiza el proceso completo una vez hayas formateado en fat32 y conectándolo en modo "HTCSync".
Saludos.