Buenas:
Al final y después de volverme un poco loco, me decidí a hacer una limpieza algo más profunda y agresiva del conector de carga de la que le había hecho usando un trapo de tela fino y alcohol isopropílico.
Con eso, el telefóno ha vuelto a ser reconocido por el pc tanto en windows como en fastboot. Le he metido la custom rom que le corresponde con MiFlash y con la opción de cerrar bootloader para que me arreglara también el recovery, así que susto quitado del cuerpo y teléfono funcionando correctamente otra vez.
Saludos.