A los que se os deshabilita el modo oscuro,Por casualidad usais la aplicacion de mensajes de google?
La he instalado porque sospecho que puede tener algo que ver con lo que comentais,ya que esa aplicacion tiene un ajuste con su propio modo oscuro,he estado probando y efectivamente,si utilizo esa aplicacion a veces desactiva el modo oscuro del mi9.
Imagino que esa es la aplicacion que crea el conflicto,de hecho se suele utilizar para probar el modo oscuro en moviles que no lo traen de serie.
La he desinstalado y vuelve a funcionar a la perfeccion,haced la prueba a ver si estoy en lo cierto.