Hola a tod@s, aunque hace tiempo que escribisteis sobre este problema, a mi me ha ocurrido lo mismo este fin de semana y he tenido que buscar información para solucionarlo. Aquí os cuento mi solución por si le puede servir a alguien:
En primer lugar yo he comprobado que no fuera un problema de la SIM, la puse en otro teléfono y funcionaba correctamente, simplemente la limpie un poco (nada del otro mundo) y la volví a poner es su sitio.
Como segundo paso, volví hacer una instalación de la ROM en mi caso "multi_MI4c_V9.2.1.0.NXKCNEK_v9-7.0" (era la misma con la que anteriormente no me reconocía la SIM), eso sí, con el Bootloader desbloqueado, ultima versión de TWRP y SuperSU.
Reiniciar el sistema y funcionando perfectamente. Un saludo.