No estoy muy seguro si todos los fabricantes actúan por igual en un reseteo de fábrica, pero normalmente cuando pasa eso no se borran las carpetas creadas. En ese caso, sería únicamente instalar nuevamente, y a cada mod restaurar su copia de seguridad local correspondiente. De la misma manera, todo el multimedia se mantendría...
El problema sería si en ese reset de fábrica se borran todas las carpetas. En ese caso no podrás recuperar nada porque ni éste ni ningún mod hace copias en Drive.
Si ves que puedes correr ese peligro, no estaría de más programar tú mismo una copia de seguridad local de cada carpeta y subcarpeta de los distintos mods.