En realidad es lo mismo, App Cloner lo que hace es una copia del APK cambiando el nombre de paquete, de modo que para Android es una app distinta. La app clonada es totalmente independiente, clona la versión que quieras y ya está.
1) Instala una de las versiones de la app
2) Clónala
3) Desinstala la original y deja solo la clonada
4) Instala otra versión
Con eso tienes dos versiones distintas de la misma app, y si lo haces más veces todas las que quieras. Por supuesto, sujeto a que el método que usa App Cloner o similares sea compatible con las apps. Google se ha puesto las pilas con el tema de modificar apps y todas estas triquiñuelas dejarán de ser válidas en futuras versiones de android.
