Yo estube probando muchos de los programas "paralelos" y el problema no es tanto el hecer las copias de seguridad, si no el como restaurarlas despues y en eso creo recordar que Paralel Spaces era el menos conflictivo ya que separaba las carpetas.
En principio para hacer las copias de seguridad en la nube necesitas que los Servicios de Google también estén corriendo en el programa "paralelo" pero también necesitás tener otra cuenta de Gmail para hacer las copias de seguridasd, no puedes/debes usar la misma que usas en la aplicación original (si no la opción de Google Drive no te aparecerá en Whatsapp, solo podrás hacer copias locales) y eso hacia a todos los programas que probé, tragar mas bateria de la cuenta.
El "problema" depende de en donde guarda el programa la copia local, ya que muchos de ellos lo hacen en la propia carpeta de Whatsapp y la copia Original y la Clonada se van mezclando en la carpeta Database, lo cual crea los problemas a la hora de la restauración.
Yo he optado por usar Whatsapp y Whatsapp for Bussines.
Un saludo.