La única ventaja que le veo pasar de 48 MP a 9 MP es que las fotos van a ocupar menos espacio. El gran inconveniente que tendría es la perdida de calidad importante.
Yo creo que sería mejor dejarlo por defecto y si necesitas alguna a 9 MP editarla con un PC. Luego con el paso del tiempo viendo algunas fotos que tengo me he arrepentido de que no tuvieran más calidad cuando la cámara si podía dar un poco más de si.