Me imagino que ya lo habras hecho: carga el tfno por la noche al 100% antes de acostarte, resetea CPU Spy y mira por la mañana, si como dices no entra en deep sleep tiene que haber alguna app o proceso que lo evite, ejecuta betterbatterystats, en la zona del Note 2 hay un muy buen tutorial sobre el programa, echale un ojo haber si te puede ayudar a descubrir lo que evita que entre en deep sleep:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=589928