Si la rom es stock baja de por ejemplo sammobile u otros sitios que tienen roms oficiales no sucedera nada de lo que dices anteriormente, simplemente estas "adelantando" la actualización. Ahora bien si lo rooteas o le cambias el recovery o algo por el estilo ahi si, pero si es solo firmware oficial sin nada, flashea tranqui que no hay problema. Eso si, no te olvide de que tiene que ser para tu modelo de s6.
