Lo primero de todo cuando desbloquees el bootloader es meter el recovery twrp y haces un backup de tu rom original antes de flashear el SuperSu, así tienes una copia original sin el root tanto de system como de todas tus apk y configuraciones
Luego ya flasheas normalmente el SuperSu
No se pierde nada, tranquila
Para actualizar por ota debes volver a poner el recovery stock y desrootearlo, esto último desde el mismo SuperSu
Importante... Recuerda que si haces un factory reset desde recovery twrp te borra la sd externa, es un fallo de twrp
Cuando llegue el momento
Salu2