Lo primero que puedo decirte es que no estás enviando la ramdisk adecuadamente hay ficheros que van a root y otros a system:
Aprovecha lo que hay hecho y no hagas experimentos. Si no quieres mantener dos repositorios puedes comenzar a trabajar desde este punto:
Además resulta muy dificil saber que cambios has hecho si no preservas el historial. Vamos que hay que revisar todo fichero por fichero.
Un saludo.