Las carpetas las crea automáticamente en /sdcard no hace falta crearlas tu a mano.
No se si seguirá pasando pero antes si borrabas los archivos predefinidos para alarma, tono... podías tener problemas, si te fijas en build.prop (lo encontraras en system dentro del zip de la ROM) veras esto archivos y a que están asociados si quieres también los puedes cambia para que estén configurados a tu gusto y de paso evitar problemas.
Por ejemplo al borrar los tonos de alarma y no asociar uno nuevo aunque pongas esta no sonara, al no encontrar el archivo predeterminado seguro cogerá la opción de silencio que es la primera opción que tienes al elegir tono a cualquier función de notificación.
