A mi me pasa algo parecido, que se desconfiguran, pero me pasa cuando se hace la copia de seguridad de Miui que tengo programada que se haga una vez a la semana.
Al principio me fastidiaba mucho, pero una vez que "localicé" por qué se producía, tan sencillo como "perder" un minuto eliminando y volviendo a crear los widgets para volver a tenerlo todo bien.