Se pueden quitar apps con ADB pero no vas a ganar mucho espacio. Lo mejor es desinstalar e inhabilitar las que no usas.
En cuanto a después de instalar una OTA que te vuelvan aparecer las apps, en las pequeñas no, en las actualizaciones grandes de saltos de versión de Android quizás.
Eso si, si haces un reset de fábrica completo, que sepas que te vuelven a aparecer fijo. Yo creo que el esfuerzo no compensa y menos teniendo el Neo 256 GB de memoria interna.