Para muchos ya será tarde, pero después de mucho buscar por fin di con la solución.
Esta es para JB, aunque imagino que en ICS será lo mismo. (no puedo asegurarlo, ya que cuando estaba en ICS y al no conocer este método solo lo pude solucionar volviendo a instalar todo desde cero).
Es tan sencillo como mover todos los archivos .odex de la carpeta /data/app a un lugar de por ejemplo la sdcard (digo mover por poder volver a ponerlos en la ubicación original una vez que el problema ha desaparecido y no tener que crearlos de nuevo), una vez movidos o borrados reiniciar el móvil y esta vez el recuadro "Actualizando Android..." actúa haciendo la actualización que necesaria.
Espero que esto ayude a alguien a deshacerse del molesto recuadro.
Saludos