El caso es que he ejecutado "Firmware + TWRP.bat" y me ha perdido el TWRP recovey.

De momento, ¿es lo esperado?. En el bat la línea es distinta pero .....

Nota: Por si acaso antes de ejecutarlo había:
1. Hecho una copia completa con TWRP (y también de la SD interna a la externa).
2. Wipe dalvik cache
3. Wipe cache.

Por lo de más aparentemente todo bien.