Faltan muchos bancos no son compatibles con ningún sistema "generico" de pagos, y usan su propia app (Por lo menos en Android, que puedes usar el NFC para lo que quieras).
Mi banco por ejemplo, es así.
Sobre los comentarios que he leído de problemas, en mi caso nunca me ha dado problemas, abrir la app, poner la huella, seleccionar la tarjeta que quiera usar, y poner el movil encima del datafono.