Si no tenías copia de seguridad, y lo restauraste, lo que hiciste como bien dices es dejarlo como venía de fábrica. Poco se puede hacer.
Por otra parte, ¿qué programa es ese y qué ocurrió exactamente?. ¿Te aparecía un mensaje para llamar al soporte técnico en el iphone o en el PC?.
Quizá el móvil no tuvo la culpa, sino algo que ocurrió en el proceso.
Contacta nuevamente con Apple y coméntales lo que te ha ocurrido y a ver si pueden ayudarte.
Suerte.