Veo que estás perdidisimo...
Para flashear la ROM stock NO hace falta rootear el movil, con lo cual, para nada pierdes la garantía.
1 - Descarga la última ROM stock oficial disponible (la de Julio)
http://en.miui.com/getrom.php?r=333&m=yes&app=false
2 - Ve a este hilo para instalar la ROM por fastboot
https://www.htcmania.com/showthread.php?t=1365640
3 - Actualiza por OTA a la última versión (septiembre)
4 - Instala solo apps básicas (WhatsApp, Facebook,etc, nada de cosas raras)
5 - Mira a ver qué tal te va.
Ya nos contarás.