Sí puedes.
Yo he hecho copia de mi carpeta EFS sin problema en mi S3 sin haber sido nunca Root.
Sigue esta información:
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=1622917
1. Confirma la compatibilidad del TWRP Recovery para tu dispositivo.
2. Instala el Recovery correspondiente.
3. Una vez instalado y sin necesidad de ser Root, accedes al menú del Recovery y te da la opción de hacer una copia de esa carpeta y de restaurarla en caso de necesidad.