Si al actualizar a Android 6 no podéis ver las carpetas al conectar el móvil al PC, probad lo siguiente:

1. Desconecta el cable USB.

2. Ve a Ajustes > Aplicaciones > Mostrar aplicaciones del sistema (es una opción del menú de los 3 puntitos)

3. Localiza [Almacenamiento externo] y [Almacenamiento de medios], entonces borras la caché y los datos guardados a esas 2 aplicaciones.

4. Reinicias el teléfono y esperas de 5 a 15 minutos para que android reconstruya las bases de datos de medios. A continuación conectas el teléfono al PC y seleccionas el modo MTP.

Ya se deberían ver las carpetas.