Esto ocurre porqye Doze, el nuevo sistema de gestión de batería, que viene implementado desde Android 6 en adelante, solo funciona cuando el teléfono está quieto. Cualquier movimiento del dispositivo hace que Doze deje de funcionar y pasa a la gestión mormal de batería que pasa por todo lo que tengas activado, así como red, datos, gps, bluetooth etcétera.