Ahm.. vamos que haces todo el proceso pin pam.... digamos que tienes ya el system.img y luego lo extraes y creas la carpeta system con todos los subdirectorios y tal ....
como puedes ver en cualquier zip de los que bajas...
pregunta entiendo que solo copias el directorio system al zip que deje....???? y el boot.img lo cambiaras por algun del kernel imperium y tal????????? o estas usando el de la propia base??? otra cosa el archivo .zip no esta configurado para añadir el modem....
puede que influya el boot.img si no has puesto el del ultimo imperium o simple, si los añades ten en cuenta que aparte de cambiar un fichero por otro debes añadir las librerias que estan en otro directorio del zip del custom kernel si no puede no arrancar o no ir algo jejejeje... y el root seria interesante pusieras, el que quieras que se que es el 2.76 ;)
deberias editar el archivo que esta en Base.zip\META-INF\com\google\android\updater-script
con el note++ y cambias las lineas...
run_program("/sbin/busybox", "unzip", "/tmp/root
SuperSU-v2.78-SR4.zip", "META-INF/com/google/android/*", "-d", "/tmp/root");
run_program("/sbin/busybox", "sh", "/tmp/root/META-INF/com/google/android/update-binary", "dummy", "1", "/tmp/root
SuperSU-v2.78-SR4.zip");
otro root si quieres..., pero yo creo que puede ser por el kernel...
Si quieres hacemos una quedada por el telegram y lo hacemos a la vez :P, una vez lo hagas veras que es sencillo..