Hay veces que teniendo root no sirve la restauración de fabrica, pues si es alguna app con esos permisos lo que causa el problema, suele alojarse en el sistema y es posible que siga ahí aun después del reset.
Ahora, Si la restauración del software fue vía flashtool, no hay más, es problema de hardware.
Si no lo has hecho, restaura el sistema vía flashtool. Debe quedar.