Probablemente no sea posible, ya que sería alimentar tanto a la batería como al pendrive y a la vez leer datos. Juraría que el teléfono bloquearía por software cualquier cosa de ese tipo. La única opción sería mediante algún tipo de switch que activara/desactivara los cables de datos del usb... la cosa se pone complicadilla, pero todo es pensar.
Aquí un ejemplo de algo parecido en nexus que me acaba de aparecer en google:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=473396
Por lo que el software por lo pronto habría que modificarlo de alguna forma.