Lo mas importante es hacer una actualización limpia, desde cero, así que en tu caso que el terminal es nuevo no te supondrá esfuerzo alguno y sí creo que merece la pena.
En mi caso, con el telefono a tope de aplicaciones y demás prefiero esperar a 6.0 y entonces hacerle el reset y entretenerme un par de días (y parecerá que estreno movil, otra cosa es cuando llegue esa actualización...). Así que depende un poco de cada uno.
Decir que,en mi caso , funciona perfectamente con 4.4, pero seguro que lo haría igual de bien con 5.1
En cuanto a lo de la huella, es cuestión de suerte que te deje de funcionar o no, eso no depende de la versión de android y, aunque es un fallo algo frecuente, no tiene nada que ver con que actualices o no. Si te ocurre y utilizas mucho el sensor, no tendras mas remedio que llevarlo a arreglar, con lo que supone de 1 mes sin móvil. En mi caso, el sensor me dejó de funcionar al segundo mes de tener el terminal pero como es algo que no utilizo, he decidido dejarlo así.