Yo utilizo Mac y el soft de Sony Bridge para Mac me ha dejado de reconocer el terminal. Realmente es un problema del propio Xperia más que de la aplicación de escritorio. Me Explico, el problema me ha seguido ocurriendo con Windows XP a través de Parallels Desktop 7 para Mac. Finalmente lo he conseguido solucionar, pero son con la opción de Windows emulado:
1. Reinicias el terminal.
2. Te vas a la carpetas de aplicaciones y pinchas en Ajustes > Aplicaciones > Servicios en ejecución.
3. Buscas y abres MtpApp y luego le das a Detener.
4. Arriba te vas a la pestaña de Todas y nuevamente buscas y abres MtpApp para esta vez darle a Borrar datos.
Ahora ya puedes conectar por USB el terminal y PC Companion debería reconocértelo sin problemas. Si no lo hace a la primera repite todo el proceso hasta que lo consigas, a mi así me ha ocurrido en todas las veces que lo he intentado y ya estoy esperando a que me llegue la actualización, que en mi caso es un Xperia comprado en Amazon Alemania.
Suerte!