De nada, siempre que de pueda para éso estamos.
El formatear la SD externa siempre es útil, porque de tanto grabar y borrar algo más lenta irá, aunque sea poca cosa. Pero no es imprescindible.
Haciendo un factory reset ya va perfecto, no es necesario para actualizar a Jelly Bean mucho más. Y más teniendo en cuenta que luego cuando instales CM11 lo único que va a quedar es la banda base y poco más.