Con la actualización de anoche parece que se ha arreglado él solo, lo de las videollamadas del WhatsApp.
Lo de las carpetas duplicadas, parece ser que alguna aplicación tipo Word, etc., interfiere y crea enlaces virtuales o algo así. Desinstalé Mega, Office, etc., borré carpetas falsas con TWRP. Y de momento han desaparecido los duplicados.
Esto demuestra que la copia de seguridad de las app arroja ciertos problemas de estabilidad. Si vienen sobre todo de ROMs anteriores distintas.