A mi me paso lo mismo al instalar la rom Lollipop y luego volver a la rom stock, lo que hice fue restaurar el equipo con TWRP "porque hice un backup de la rom stock, si no lo hiciste lo puedes restaurar con adb tools" y aun así persistía el problema de la Imei así que de tanto buscar en foros encontré que se podía solucionar instalando directamente el UPDATE.APP en el actualizador de la rom stock, así que hice eso, me fui a ajustes, actualizador, menú y luego en actualización local por cierto debes crear la carpeta dload en el almacenamiento del teléfono y pegar allí el archivo y listo, con eso me soluciono el problema de la imei, espero te pueda ser de ayuda.