A la hora de pasar de KitKat a LolliPop es necesario seleccionar "Firmware Upgrade" ya que LolliPop tiene otras particiones y usando el "Download Only" no funciona. Únicamente funciona con Download cuando ya vienes de otra LolliPop previamente instalada (porque ya lo tienes bien particionado).
De esta forma no se pierde el IMEI, al menos al pasar de KitKat a LolliPop, o viceversa. No he probado seleccionar Firmware Upgrade entre una misma versión y no sabría decirte si en este caso sí se pierde, la verdad.
Eso sí, cuando sí se pìerde el IMEI es al seleccionar "Format All + Download" ahí se borra todo y te instala la ROM pero pierdes el NVRAM que es donde se guarda el IMEI y demás.
saludos!